制定全州疾病防治规划和措施，依法对“五大卫生”、法定传染病进行监督监测，负责鼠疫、疟疾、麻风、碘缺乏病、地方性氟中毒等疾病的综合防治管理和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。研究制定全州城乡区域卫生、社区卫生服务发展规划和服务标准并指导实施。抓好初级卫生保健规划的实施。制定妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划，组织协调有关部门开展妇幼卫生保健工作，加强妇幼卫生业务技术的监督、评估和调控机制。负责全州离休干部和高级知识分子医疗保健工作的业务指导。负责爱国卫生工作的组织、协调、指导、监督、检查评比，对全州改水、改厕、灭鼠工作进行业务指导，开展健康教育，普及卫生科学知识。